Gli organi dell’Autorità di bacino distrettuale sono individuati dall’art. 63 del d.lgs. 152/2006 e disciplinati dalla stessa norma e dallo Statuto dell’ente. Sono organi dell’Autorità:

      • la Conferenza Istituzionale Permanente (art. 63 commi 5 e 6 del d.lgs. 152/2006 e art. 5 dello Statuto). E’ l’organo di indirizzo politico e tecnico dell’Autorità e provvede all’adozione dei Piani di bacino. E’ presieduta dal Ministro della Transizione ecologica (ex Ministro dell’Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare) e composta dal Ministro delle infrastrutture e della mobilità sostenibili (ex Ministro delle infrastrutture e dei trasporti), dal Capo Dipartimento della protezione civile e, nei casi in cui siano coinvolti i rispettivi ambiti di competenza, dal Ministro delle politiche agricole alimentari e forestali e dal Ministro della cultura o dai Sottosegretari di Stato dagli stessi delegati nonché dai Presidenti/Assessori delegati delle 3 regioni del distretto, Toscana, Liguria e Umbria.
      • il Segretario Generale (art. 63 commi 7 e 8 del d.lgs. 152/2006 e art. 6 dello Statuto). E’ il rappresentante legale dell’Autorità e provvede agli adempimenti necessari al funzionamento dell’ente. E’ nominato con d.p.c.m.
      • la Conferenza Operativa (art. 63 comma 9 del d.lgs. 152/2006 e art. 7 dello Statuto). E’ l’organo consultivo dell’Autorità: esprime pareri ed emana direttive, ai fini della pianificazione e programmazione di bacino. Vi partecipano due rappresentanti per ogni amministrazione presente nella Conferenza Istituzionale Permanente, nominati con Decreto del Ministro della Transizione Ecologica
      • il Collegio dei revisori dei conti (art. 63 comma 3 del d.lgs. 152/2006 e art.9 dello Statuto). Esercita il controllo interno di regolarità amministrativa e contabile ed è composto da tre membri effettivi e due supplenti, nominati con decreto del Ministro della Transizione ecologica.
      • La Segreteria tecnica operativa: (art. 63 comma 3 del d.lgs. 152/2006 e art. 8 dello Statuto). L’organo è rappresentato dalla struttura dirigenziale dell’Autorità ed è presieduto dal Segretario Generale.