Dal 17 febbraio 2016 a seguito della costituzione delle nuove Autorità di Bacino distrettuali è iniziata la migrazione dei contenuti riguardanti gli enti coinvolti nel nuovo sito web. In questa fase di transizione, quindi, il nuovo portale è in continuo aggiornamento e alcuni dei contenuti saranno ancora disponibili sui vecchi siti. Per quelli più importanti sono stati creati dei collegamenti diretti: